«راز کوچک» فیلمی با سه داستان درهم‌تنیده است که همگی به واسطه یک راز مشترک به هم متصل می‌شوند؛ رازی که در نهایت زندگی تراژیک اما زیبای سه خانواده را آشکار می‌سازد و نشان می‌دهد که چگونه امید، رویاها و سرنوشت می‌توانند افرادی از نقاط بسیار متفاوت جهان را به یکدیگر پیوند دهند.

دو برادر در حین بزرگ شدن در خانواده‌ای ایده‌آل و شاد، رابطه‌ای بسیار نزدیک با یکدیگر برقرار می‌کنند. با ورود به دوران جوانی، رابطه آن‌ها بسیار صمیمی، عاشقانه و جنسی می‌شود.

داستان واقعی ژائو گیلهرم استرلا («جانی»)، جوان خوش‌گذران طبقه متوسط که در اوایل دهه ۱۹۹۰ به یک قاچاقچی بزرگ کوکائین در ریو دو ژانیرو تبدیل شد.